Podczas konwokacji w 1764 r. „Familia” zaczęła odbierać młodym Brühlom urzędy i dobra, jednak nie wszystkie swoje zamierzenia mogli Czartoryscy i ich klientela zrealizować bez zgody przedstawiciela carycy Katarzyny II ambasadora Keyserlingka. Ten z początkiem listopada 1763 r. prowadził sondażowe rozmowy z opozycyjnym „obozem saskim”, by na wszelki wypadek mieć możliwość zahamowania reformatorskich zapędów „Familii” ((Z. Zielińska, Polska w okowach „sytemu północnego” 1763-1764, Kraków 2012, s. 86.)). Jednym z warunków współpracy było przywrócenie indygenatu dla Alojzego Brühla. Stanisław August Poniatowski został do tego zobowiązany przez ambasadora, lecz do końca życia król prawdopodobnie nie podejrzewał, że został wykorzystany jako instrument w sprawie, która nie sprzyjała jego własnemu stronnictwu ((Tamże, s. 86.)). Po koronacji Stanisław August Poniatowski pojednał się z Alojzym Fryderykiem Brühlem. Ten ostatni otrzymał legalny indygenat i 22 grudnia 1764 r. został ponownie generałem artylerii.
W latach 1764-1788 Alojzy Fryderyk Brühl poświęcił się głównie reformowaniu polskiej artylerii. Nie było to jednak jego jedyne zajęcie. Jako starosta warszawski zaczął przeprowadzać porządki w stolicy. W latach 1763-1768 był wraz z bratem właścicielem dóbr sierakowskich, których wcześniejszym posiadaczem był ich ojciec. Ziemie te, zadłużone i nie doinwestowane sprzedali Piotrowi Mikołajowi baronowi von Gartenberg-Sadogórskiemu ((M. Zwierzykowski, Sieraków i jego właściciele w drugiej połowie XVIII wieku, Sierakowskie Zeszyty Historyczne nr 2 (2008), s. 62.)).
W kolejnych burzliwych latach Alojzy Brühl stał się członkiem Rady Nieustającej, pełnił też szereg funkcji w wojsku koronnym. Był autorem cieszących się swego czasu popularnością komedii: Przyjazd Pana (1775), Podrzutek czyli dziecię znalezione (1782) i Figiel za figiel. Znana jest też dziś jego działalność w lożach wolnomularskich ((J. Dudziak, Alojzy Fryderyk, s. 166-194.)). W 1767 r. został przewodniczącym Loży pod Cnotliwym Sarmatą.
Alojzy Brühl nie był generałem malowanym. Obejmując swą funkcję miał koncepcję zmian w artylerii i szereg militarnych doświadczeń za sobą. Walczył w wojnie siedmioletniej jako oficer ochotnik w armii austriackiej ((Tamże, s.61.)). Podczas pełnienia swoich obowiązków w latach 1764-1788 wydał kilka regulaminów ((Oficerowie Rzeczypospolitej Obojga Narodów 1777-1794, Spisy, oprac. Mariusz Machynia i Czesław Srzednicki, Kraków 2002, s. 13.)), z których niektóre weszły w życie, przetłumaczył też i opatrzył własnymi myślami Elementarz wojskowy gen. Kinskiego ((Leonard Ratajczyk, Elementarz służby wojskowej XVIII w., Mówią wieki, (1970), nr 7, s. 16-18.)). Prace te są niezwykle cenne, gdyż pozwalają poznać poglądy generała artylerii na temat ówczesnej służby wojskowej. Interesując są też jego petycje i listy do władz, których fragmenty odnaleźć można w literaturze przedmiotu ((J. Dudziak, Alojzy Fryderyk, s. 79-82, 88-92, 157; Oficerowie Rzeczypospolitej, s. 2-4, 13, 95: L. Ratajczyk, Elementarz, 16-18; Z. Walter-Janke, Artyleria koronna w obronie niepodległości Polski 1792-1794, Lublin 1999, s. 44-4, 126; E. Rostworowski, Sprawa aukcji wojsk na tle sytuacji politycznej przed Sejmem Czteroletnim, Warszawa 1957, s. 57, 61, 95, 141, 267-269, 270, 272.)). Przedstawione niżej poglądy czerpiemy właśnie z nich.
Generał był zdania, że aby utrzymać artylerię na dobrym poziomie, należy dokonać w niej wielu reform systemowych. Przede wszystkim miał świadomość, że bez odpowiednich nakładów nie da się budować dobrej armii. Według Alojzego Brühla w siłach zbrojnych powinno się znieść różnice stanowe. Wszyscy w jego opinii byli synami jednej ojczyzny. Awans według niego powinno się dostawać za wiedzę i umiejętności, a nie za pochodzenie. Były to myśli bardzo nowatorskie jak na tamte czasy w skali całej Europy.
Krytykował też system rekrutacji. Według generała należało zrezygnować z systemu werbunkowego, który był gwałtem na człowieku ((E. Rostworowski, Sprawa aukcji wojsk, s. 267-268.)). Zamiast tego proponował system dobrowolnej rekrutacji ((Tamże, s. 270.)). Do artylerii, według niego, powinno się brać ludzi pewnych, gdyż byle kogo nie warto szkolić wiele lat i wielkim nakładem środków.
Zwracał on też dużą uwagę na szkolenie żołnierza i oficera. Według Brühla do każdego należało podejść indywidualnie, uwzględniając jego pochodzenie i warunki psychofizyczne. Każdy oficer powinien zjednać sobie miłością żołnierzy poprzez opiekę i łagodzenie trudów żołnierskiej służby ((Tamże, s. 270.)). Armia miała być też według niego szkołą patriotyzmu i miłości ojczyzny. Dał temu wyraz w swych poglądach na przysięgę wojskową, która miała współkształtować postawę patriotyczną. Dezercji powinna zapobiegać właśnie praca uświadamiająca, prowadzona przez starszych żołnierzy, gdyż to oni mieli duży autorytet w szeregach ((J. Dudziak, Alojzy Fryderyk, s. 140.)). Warto zwrócić uwagę, że korpus artylerii nie miał większych problemów werbunkowych – w porównaniu z piechotą dezercja była tam znikoma ((R. Matuszewski, Odnowa artylerii koronnej, s. 124.)).
Generał był zdecydowanym przeciwnikiem metody szkolenia kijem. Posłuszeństwo powinno być regulowane osobistymi relacjami między żołnierzem a oficerem. Jeśli obie strony były przekonane o swej wiedzy i zdolnościach, to powinny walczyć razem do końca ((L. Ratajczyk, Elementarz, s. 118.)).
W kwestiach nauki miał bardzo duże wymagania wobec wszystkich; uważał, że nieustannie należało podnosić kwalifikacje i poszerzać horyzonty, co też sam robił. Świadczy o tym dobitnie jego prywatna biblioteka ((J. Dudziak, Alojzy Fryderyk, s. 137.)). Widział też potrzebę łączenia teorii z praktyką. W swoich pismach zwracał uwagę na to, że oficer powinien mieć czas na czytanie książek i rozmyślania.