Część pierwsza artykułu opisywała historię Wilhelma Koppe przed wyjazdem do Małopolski.
18 listopada 1943 r. zarządzeniem Himmlera Koppe został przeniesiony na stanowisko wyższego dowódcy SS i policji w Generalnym Gubernatorstwie. Formalnie pełnił funkcję sekretarza stanu do spraw bezpieczeństwa, zastąpił na tym stanowisku Friedricha Wilhelma Krügera. Do najbliższych współpracowników Koppego w Generalnym Gubernatorstwie należeli: Walter Bierkamp – dowódca policji bezpieczeństwa i SD oraz Franz Kutschera – dowódca SS i policji na dystrykt warszawski, słynny „kat Warszawy”. Wyższemu dowódcy SS i policji w Generalnym Gubernatorstwie podlegał obóz na Majdanku oraz obóz w Płaszowie ((Pierwotnie obóz pracy pod nazwą Obóz pracy przymusowej dowódcy SS i policji dystryktu krakowskiego w Płaszowie pod Krakowem, następnie przemianowany na obóz koncentracyjny. )).
Również w Generalnej Guberni Koppe był jednym z głównych organizatorów terroru skierowanego wobec ludności cywilnej, poprzez stosowanie zasady odpowiedzialności zbiorowej i akcji pacyfikacyjnych. Warszawskie egzekucje uliczne za rządów Koppego przewyższają znacznie swymi rozmiarami liczbę egzekucji i ofiar z okresu wcześniejszego. Na mocy rozporządzenia o zwalczaniu napaści na niemieckie dzieło odbudowy z listopada 1943 r. rozpoczęto serię publicznych egzekucji w miastach Generalnej Guberni. W okresie działalności Koppego w Generalnej Guberni odbyło się 20 publicznych egzekucji, w których śmierć poniosły 1254 osoby ((S. Datner, Wilhelm Koppe…., s. 47. )). Jedną z nich była egzekucja z dnia 2 lutego 1944 r. na 100 więźniach politycznych z hitlerowskiego więzienia Montelupich w odwecie za nieudany zamach na generalnego gubernatora Hansa Franka przeprowadzony 29 stycznia 1944 r.
28 czerwca 1944 r. Koppe wydał rozkaz wprowadzający „odpowiedzialność rodową”, zarządzając mordowanie najbliższych krewnych członka podziemia, który dokonał zamachu na Niemca, albo szczególnie dokuczliwego dla okupanta sabotażu. Zgodnie z tym rozkazem miano rozstrzeliwać nie tylko sprawcę zamachu bądź sabotażu, ale także wszystkich mężczyzn z ich rodzin od lat 16. Kobiety miały być natomiast deportowane do obozów koncentracyjnych.
Za działalność w Kraju Warty oraz w Generalnej Guberni Polskie Państw
o Podziemne wydało na Koppego wyrok śmierci. 11 lipca 1944 r. w Krakowie miał miejsce nieudany zamach na jego życie – Akcja Koppe, dokonany przez 1 kompanię „Pegaz” batalionu „Parasol”. Próbę likwidacji Koppego podjęto podczas przejazdu z Wawelu do Akademii Górniczej. Szef policji w Generalnej Guberni został ranny w zamachu, udało mu się jednak zbiec ((Ibidem, s. 68. )).
W końcowym okresie okupacji Koppe wzywał do masowych morderstw na Polakach, sprzeciwiał się temu Hans Frank. Latem 1944 r., w obliczu zbliżającego się frontu, Koppe wydał rozkaz totalnego opróżnienia więzień, czyli wymordowania wszystkich osadzonych w nich Polaków. Na mocy tego rozkazu, utrzymanego w mocy do ostatnich dni okupacji hitlerowskiej, 22 lipca 1944 r. wymordowano więźniów osadzonych na lubelskim Zamku. 15 stycznia 1945 r., czyli na dwa dni przed zakończeniem swego urzędowania w Krakowie Koppe wydał zgodę na kolejną masową egzekucję, w której zginęło 79 osób.
17 stycznia 1945 r. Wilhelm Koppe i Hans Frank uciekli z Generalnej Guberni. Koppe opuścił Kraków potajemnie, razem ze swoim sztabem. W kwietniu 1945 r. przeniesiono go na stanowisko wyższego dowódcy SS i policji na tzw. obszarze Süd, z siedzibą w Monachium. Od zakończenia wojny Koppe ukrywał się pod panieńskim nazwiskiem swojej żony – Lohmann. Po 1945 r. został dyrektorem fabryki czekolady w RFN.
Przez władze polskie Wilhelm Koppe został oskarżony o zbrodnie wojenne popełnione w okupowanej Polsce: Polska oskarża Wilhelma Koppego jako czołowego przedstawiciela III Rzeszy na czasowo okupowanych ziemiach polskich o to, że w okresie od października 1939 r. do października 1943 r. na obszarze tzw. Kraju Warty jako Wyższy Dowódca SS i Policji oraz pełnomocnik względnie zastępca pełnomocnika Komisarza Rzeszy dla Umocnienia Niemczyzny z siedzibą w Poznaniu oraz w okresie od listopada 1943 r. do stycznia 1945 r. na terenie tzw. Generalnego Gubernatorstwa jako Wyższy Dowódca SS i Policji i pełnomocnik Komisarza Rzeszy do Umacniania Niemczyzny z siedzibą w Krakowie oraz Sekretarz Stanu do spraw bezpieczeństwa w tzw. rządzie GG z siedzibą tamże, łamiąc prawo międzynarodowe i działając na szkodę Państwa Polskiego i jego obywateli inicjował, kierował i uczestniczył w popełnieniu zbrodni wojennych i zbrodni przeciw ludzkości ((Ibidem, s. 70.)).